1) 폐업신고를 한 경우보다 많은 세금을 추징 당하게 된다. 
폐업을 하면서 세금신고를 해 두면 적어도 불리한 과세는 받지 않지만, 신고를 안하면 세무서에서는 다음처럼 과세를 한다.

부가가치세
사업을 하면서 발생시킨 자료는 전산에 입력된 자료를 근거로 매출자료는 그대로 과세하는 반면 매입자료는 세금계산서 합계표를 제출하지 않았으므로 공제해 주지 않는다.

만약, 매출자료는 없고 매입자료만 있다면 매입자료금액을 전부 판매한 것으로 간주해 과세한다.

소득세
부가가치세 과세자료를 기준으로 추계과세를 하므로 적자가 났더라도 그 사실을 인정받지 못하고 세액공제등도 못 받게 돼서 세부담이 늘어난다.

2)세금이 체납되면 본인 명의로는 사업자등록을 신청하거나 재산을 취득하기가 사실상 불가능해진다. 
그 이유는 체납자가 사업자등록을 신청하면 사업자등록증 교부전에 임차보증금 등을 압류하고, 재산을 취득하더라도 체납자 소유재산인 사실이 확인되면 즉시 압류해 공매처분하기 때문이다.

3) 각종 행정규제를 받는다.
체납세액이 5천만원 이상자는 출국금지 또는 여권발급을 제한하며, 체납세액이나 결손금액이 5백만원 이상자는 신용정보기관에 명단을 통보해 금융거래에도 제한을 받게 된다.

4) 관련 기관에도 신고해야 불이익을 받지 않는다. 
ㆍ 면허 또는 허가증이 있는 사업일 경우 당초 면허를 받은 기관에 폐업신고를 해야 면허세가 부과되지 않는다.
ㆍ 사업자등록 폐업시 폐업증명을 받아 국민연금관리공단 및 국민건강 보험공단에 제출해야 보험료가 조정돼 불이익을 받지 않는다.

폐업을 하면서 세금신고를 하지 않으면 거액의 세금부과로 불이익을 받게 되므로, 그럴 만한 마음의 여유가 없더라도 반드시 신고를 하는 것이 좋다. 세금을 납부할 수 없다할지라도 신고만이라도 해두자. 그러면 최소한 매입세액불공제 같은 불이익은 피할 수 있다.